인도네시아는 2억 7천만 인구의 약 90%가 이슬람을 믿지만, 가톨릭, 개신교, 불교, 유교, 힌두교까지 6개 종교의 자유를 보장해 왔다. 인도네시아는 크리스마스, 석탄일, 힌두교 신년 등 타 종교의 기념일도 모두 공휴일로 지정할 정도로 타 종교에 관대하다. 2017년 인도네시아가 미신으로 치부되던 토속신앙을 정식 종교 인정하면서 종교의 자유를 보장하는 국가로 다시 한번 이목을 끌었다.

불교와 힌두교가 인도네시아에 들어온 시기는 7세기 경이다. 인도네시아의 스리위자야 왕국과 마자파힛 왕국들이 중국 그리고 인도와 교류하면서 힌두교와 불교를 받아들이기 시작했다. 이후 힌두교와 불교가 국교로 삼게 됐다.

이슬람은 13세기경 인도네시아의 수마트라 북부에서 전파되기 시작됐다. 다른 섬들도 점차 무역을 통하여 점진적으로 이슬람을 믿기 시작했다. 이때 이슬람교는 토착 종교와 문화와 뒤섞이며 현지화되어갔고, 현재 87% 인구가 이슬람을 믿는 국가로 이어오고 있다.

기독교는 16세기경 유럽인들이 인도네시아를 식민지화하면서 전래됐다. 인도네시아 지방에 처음 유럽인이 도착한 시기는 1512년으로, 포르투갈 상인들이 말루쿠 제도에 상륙한 것 유럽과 인도네시아의 최초 접촉으로 본다. 이어 네덜란드 상인들이 뒤따라 인도네시아로 들어왔고, 1602년에 네덜란드는 네덜란드 동인도 회사를 세워 이후 약 300여 년 동안 인도네시아를 독점적으로 통치했다.